Vị tân Giáo hoàng đã khôi phục lại đặc ân đền thờ lâu nay bị xâm phạm, vì trong những cuộc chiến tranh, người ta đã xông vào lục soát nhà thờ để tìm kiếm kẻ thù. Ông đưa Giáo hội thoát khỏi ảnh hưởng thế lực của các hoàng đế có từ thời Justinian. Benedict II thuyết phục Constantine ban cho Giáo hội Rôma và dân chúng quyền bầu chọn Giáo hoàng mà không thông qua sự phê duyệt bổ nhiệm của hoàng đế thay vào đó là do giám quản Giáo hội Đông phương của Ravenna.

Ông là một học giả uyên bác và có công hàn gắn những chia rẽ của Giáo hội La mã và Đông Phương. Triều đại của ông được đánh giá bởi sự chú ý của ông đến những người nghèo khổ, gần như là chủ nghĩa dân túy (populisme). Benedict cũng củng cố địa vị của Giáo hoàng bằng cách chủ tọa tất cả các nghi lễ dân sự của Rôma.